A Debreceni Egyetem Mezőgazdaság-, Élelmiszertudományi és Környezetgazdálkodási Karon, illetve elődszervezeteiben a mezőgazdasági termelésre közvetlenül épülő termékfeldolgozás, illetve nyersanyag- és termékminősítés már az oktatás kezdeteitől szervesen beépült a tananyagba. Hangsúlyos szerepet viszont 1991-ben kapott, amikor létrehoztuk az agrármérnöki képzésen belül a Mezőgazdasági Termékfeldolgozás és Minősítés szakirányt. A szakirányon végzett hallgatók a régió élelmiszeripari üzemeiben helyezkedtek el. A képzés irányítását, a szakmai anyag folyamatos fejlesztését 1995-től az akkor alakult Mezőgazdasági Termékfeldolgozás és Minősítés Tanszék vette át, mely a képzés folyamatos fejlesztése, az élelmiszer feldolgozás és minőségbiztosítás külön szakként való akkreditálásával iskolát teremtett, s jelenleg Élelmiszertudományi Intézet néven működik.
A képzés fejlődésével párhuzamosan bővültek az analitikai lehetőségek is (ICP-MS, ICP-OES, HPLC, GC-MS analitikai laboratórium), aminek köszönhetően az Élelmiszertudományi Intézet laboratóriuma egy rendkívül jól felszerelt laboratóriummá fejlődött, lehetővé téve a mind aktívabb pályázati tevékenységet is. A kutatási területek kibővültek az élelmiszer- és takarmány-alapanyagok és élelmiszerek vizsgálatával, a termék-feldolgozási technológiák fejlesztésével, valamint a minőségügyi rendszerek elemzésével.
Ezt követően – összhangban a DE MÉK fejlesztési elképzeléseivel – mindinkább a speciális élelmiszertudományi témák, valamint az ehhez kapcsolódó minőségbiztosítás (pl. a tárolás alatti minőségváltozások, minőség és technológia kapcsolata, technológia és minőségügy kérdései, illetve élelmiszeranalitikai feladatok) kerültek előtérbe.
Az oktatási rendszer átalakulásával az Intézet képzési kínálata is kibővült, s minden szinten lehetőséget biztosít a továbbtanulni vágyók számára.
A 2006-tól induló többciklusú képzési rendszer alapképzésére való felkészülés során nyilvánvalóvá vált, hogy ezt a széleskörű ismeretanyagot nem lehet a BSc képzés három évébe tömöríteni. Az élelmiszeres képzés az újfajta oktatási struktúrában az Élelmiszermérnöki BSc szakkal indult el. Ez a szak az élelmiszertudomány technológiai folyamatainak megismertetésére fókuszál, s a korábbi technológiai tárgyak kiegészültek szélesebbkörű alaptudományi és műszaki területekkel (termodinamika, mechanika, méréstechnika és automatizálás, kolloidika, művelettan). A szak meghirdetésére először 2006-ban került sor. Nappali képzés keretében ezen az alapszakon évente 65-90 fő, míg az angol nyelven folyó képzésre 20-25 fő nyer felvételt.
Alapképzésben az Élelmiszermérnöki szakon sikeresen végző diplomások képesek:
- élelmiszeripari nyersanyagok értéknövelő előállítására, tartósítására, biztonságos élelmiszerek előállítására, az élelmiszeripari folyamatok tervezésére, szervezésére, ellenőrzésére;
- az élelmiszeripari műveletek alapjainak birtokában az élelmiszeripari feldolgozás és tartósítás korszerű technológiai és a biotechológiai eljárások alkalmazására;
- élelmiszer alapanyagok és élelmiszerek vizsgálati módszereinek biztonságos alkalmazására, a főbb élelmiszer komponensek azonosítására;
- az élelmiszer előállítás és forgalmazás területén az élelmiszer-előállítással kapcsolatos vezetési és szervezési, marketing, élelmiszeripari informatikai, szabványosítási és műszaki szabályozási elvek alkalmazására.
A bolognai képzési rendszer második lépcsője az Élelmiszerbiztonsági és –minőségi mérnöki MSc képzés, melynek célja olyan szakemberek képzése, akik táplálkozástudományi és minőségügyi ismereteik alapján, mikrobiológiai, molekuláris biológiai, toxikológiai, analitikai tudásuk birtokában, megfelelő kockázatelemzési képességek birtokában logisztikailag és gazdaságilag hatékonyan tudják felügyelni és ellenőrizni a biztonságos és kiváló minőségű, az emberi táplálkozásra minden tekintetben alkalmas élelmiszer-előállítás folyamatát és forgalmazását, annak etikai, jogi és élelmiszerbiztonsági aspektusait is figyelembe véve. A mesterszakon elsajátított ismeretek alapján a végzettek alkalmasak tanulmányaik doktori képzés keretében történő folytatására. A szak 2008-as indítása óta évente mintegy 25-35 hallgató nyer ide felvételt, nappali és levelező képzés keretében, míg az angol nyelven folytatott képzésre 15-20 fő jelentkezik évről-évre.
2009-ben indult az Élelmiszertudományi Intézet és a Debreceni Egyetem Farmakológiai Intézettel közösen akkreditált Táplálkozástudományi mesterszak, mely képzés célja olyan táplálkozástudományi mérnökök képzése, akik anatómiai, élettani, kémiai, mikrobiológiai és analitikai ismereteiket élelmiszertechnológiai és -feldolgozási ismereteikkel kiegészítve táplálkozástudománnyal kapcsolatos feladatokat magas színvonalon tudnak ellátni, részt venni a táplálkozási tanácsadásban, új élelmiszerek fejlesztésében, valamint klinikai diéták összeállításában. Talán ez az a szak, amellyel az agrárképzés rendszere a teljes élővilágot felöleli, hiszen a növényi és állati alapanyagokból előállított élelmiszerek élettani hatását, hasznosulását, humán egészségügyi és dietetikai aspektusait egyaránt elemzi.
Az oktatói-kutatói pálya iránt elhivatottak számára az Állattenyésztési tudományok doktori iskola, a Kerpely Kálmán doktori iskola, valamint a Táplálkozás- és élelmiszertudományi doktori iskola biztosít lehetőséget tanulmányaik folytatására.