Az Intézet szervezeti egységei az Állattenyésztéstani Tanszék, Takarmányozás-élettani Tanszék, Természetvédelmi Állattani és Vadgazdálkodási Tanszék. Az Intézet szakvezetésével oktatott graduális és posztgraduális szakok: a ménesgazda felsőoktatási szakképzés, lótenyésztő- és lovassport szervező agrármérnöki BSc (nappali), természetvédelmi mérnöki BSc (levelező, nappali), vadgazda mérnöki BSc (levelező, nappali), állattenyésztő mérnöki MSc (nappali, levelező, távoktatásos), természetvédelmi mérnöki MSc (levelező, nappali), Animal Husbandry Engeneering MSc (nappali). A halászati szakmérnöki szakirányú továbbképzés és a természetpedagógus szakirányú továbbképzési szakok regisztráltak.
Az állattenyésztés és a tudomány talán a második világháború után sem állt a maira emlékeztető kihívások előtt, továbbá ezen tendenciák, elvárások némelyike egymással ellentétes is. Ilyen ellentétes várakozás például az, hogy 2050-re 60%-al nő az állati fehérje iránti igény, a tej- és húsfogyasztás, elsősorban a fejlődő országokban. A növekvő fehérje igény kielégítése rovarfehérjével vagy műtermékek „tenyésztésével” is az alternatívák között szerepel. Ezzel szemben pedig az állat (elsősorban a kérődzők) részbeni hibáztatása az üvegházhatású gázok termeléséért (25%), az ivóvizek szennyezésért (sertés), az állatról emberre terjedő betegségek megnövekedéséért, az állati eredetű fehérje túlzott (de egyes vélemények szerint egyáltalán való) fogyasztásának egészségre való káros hatásáért.
Ami bizonyosan belátható viszont, hogy a klímaváltozásnak az állat is elszenvedője (magas hőmérséklet, új betegségek – kéknyelv, bőrcsomósodás, nílusi láz, pl. – megjelenése, a takarmánynövények toxintermelő gombákkal való szennyezettsége nő). Csökken a termőtalaj, így a rendelkezésre álló takarmánytermő terület mennyisége, csökken a tiszta édesvízkészlet (éghajlatváltozás, környezetszennyezés, ipari üzemek, háztartások megnövekedett vízszükséglete miatt). Az inputárak folyamatosan nőnek, a szakképzett fizikai munkaerő csökken, ami a telepi méretnövekedést és a fizikai munkaerő kiváltására alkalmas (precíziós) technológiák elterjedését vonja maga után. Erre épül a lean szemléletű körforgásos gazdálkodás, a veszteségek csökkentése (a termelésben, a feldolgozásban, a fogyasztásban), a nyomonkövetés iránti igény. Mindezt úgy, hogy a biobiztonság ma már megkerülhetetlen. Az állat egészségi állapotának fenntartásában az antibiotikumról leginkább le kell mondanunk. Az állatjólét és az állatvédelem társadalmi kérdéssé vált. Tenyésztésben a hozamfokozás, hatékony erőforráshasznosítás továbbra is cél, amit biotechnikai-biotechnológiai eszközökkel érünk el mind a takarmány feldolgozása, mind a tenyésztés során. Már gyakorlat a genomra épülő szelekció, a szaporodásbiológia élettani háttér mélyebb megismerése, esetlegesen a génszerkesztés is.
Az emberi tevékenység miatti biodiverzitás csökkenése és annak az ember egészségére való hatása (akár az egy egészség koncepciójában is), a vadvilág megjelenése a településeken, az ember eltávolodása a környezettől egyre inkább fellépésre, a folyamatok feltárására, közemberrel való megismertetésére készteti a tudományos világot. Az emberek egy része saját környezetében kívánja megvalósítani a termékelőállítást, a biodiverzitást, vagy az ökológiai gazdálkodáson, de akár a permakultúrán keresztül is. Az EU 2030-ra 25%-ban becsüli a biotermékek fogyasztását.
Nem feledkezhetünk el arról, hogy ma még 2 milliárd ember létfenntartásának alapja az állattenyésztés, ugyanakkor a világ állattenyésztésének várhatóan 2/3-a 2050-re a fejlődő országokban lesz. A fentiek is mutatják, hogy kihívás, tudományosan megoldandó feladat van bőven.
Mindezek megoldására az Intézetünk felkészült, hiszen elkötelezett és szakmailag felkészült az oktató-kutató állományunk, szoros a kapcsolata a hazai ágazati kutatóintézetekkel, egyetemi karokkal, kutatócsoportokkal, széleskörű az oktatók-kutatók nemzetközi kitekintése és kapcsolati rendszere is (pl. BOKU, Újvidék, Temesvár, Kassa, Zágráb, Montpellier, Bielowieza, DAGENE, HIF,…), nemzetközileg is elismert a kutatási teljesítménye (D1, Q1), erős a partnergazdasági kapcsolata, számos kihelyezett tanszék segíti munkáját, részt vesz az állattenyésztő szervezetek vezetőségében, integrált tudományterületi, interdiszciplináris és állatfaji megközelítés jellemzi (molekulárs genetikától a takarmányozáson át a termékminőségig). Jelentős kutatási eredményekről számolhatunk be a genetikai diverzitás (klasszikus és molekuláris), őshonos fajták tenyésztése, proteomika, tenyésztési programok, tenyészértékbecslés, akvakultúra, természetes populációk felmérése területeken, továbbá a városi vadgazdálkodás, valamint a pollinátorok területén. Fejlett, nemzetközi szintű a halbiológiai, takarmányozási, proteomikai, szaporodásbiológiai infrastruktúránk.